Arrancó con su segundo album

Era Discovery (1999-2005) 

En 1999 el dúo comenzó a grabar su siguiente álbum, Discovery, que tomo un estilo más orientado al synth pop que al house de su último álbum, lo que inicialmente sorprendió a muchos de los fanáticos de Homework. El álbum llego al #2 en el Reino Unido y su primer sencillo, "One More Time" fue un éxito de club mayor. 

Los sencillos Digital Love y Harder Better Faster Stronger también alcanzaron éxito en el Reino Unido y los Estados Unidos. Un extracto de 45 minutos de un concierto del Daftendirekttour fue lanzado en 2001, titulado alive 1997. En 2003 se lanzo una película animada Interstella 5555. Para promover la película se lanzo el álbum Daft Club que contiene remezclas anteriormente disponibles por la membresía en Internet del mismo nombre.